2025年，黑白都市"斑马城"，城内实行"斑马时间"之制，斑马女皇煽情的歌声挽飘荡于各处。
在已然面貌全非的东京街头，市川新市蓦地睁开了眼睛。
时间是早晨五点，警铃之声震耳欲聋，"斑马时间"到了！闪耀的斑马灯将整个都市变成了黑与白的世界。突然，斑马警察向新市射击，不明就里的新市仓皇逃出了黑白都市。他丝毫不明白自己为何会遭到追击，穷追不舍的斑马警察一枪射穿了新市的胸痛，他失去了意识。
五分钟后，斑马时间结束。朝阳升起，周遭的一切又恢复成看惯了的日常景象。一个一身白衣的男人出现带走了新市。新市被带到了斑马城外的"白马之家"。这里躲藏着一群被斑马城排除的人，他们过着自给自足的生活。这群人的领袖浅野看到新市后大吃一惊。原来，新市正是他十五年前失踪的小学班主任老师，也就是与外星人拼死大战拯救了地球的斑马人！"老师！"面对浅野的招呼，新市一片茫然，他完全失去了十五年间的记忆。为了养伤，新市在白马之家住了下来。
斑马女皇是斑马城的超级歌星，她的歌已经连续四十周在排行榜上占据了冠军的宝座。这位歌坛巨星其实就是都知市的女儿唯。唯野心勃勃，不仅想作为广告之塔称霸这座城市，还计划着征服整个世界。
侵略地球的外星人曾被唯的父亲秘密保存在研究所中，后来神秘失踪。唯准备找到外星人，让它再度在地球上引发混乱，然后自己出场变身成黑斑马将之打败，成为救世主，藉此进一步在全世界推行斑马时间。唯曾经一度在研究所中变身成功。当她和心腹手下新实得知外星人正藏匿于白马之家后，立刻展开了行动。
新市在白马之家认识了栽种黑白蝴蝶花的少女小堇。小堇一开始什么话都不说，后来渐渐地对新市敞开了心扉。不料，当新市触碰到她的时候，突然全身发抖，并很快升级成剧烈的痉挛，在身上浮现出斑马纹的时候，记忆复苏了。新市想起了自己是斑马人、自己被神秘的远心分离机封住记忆的场面，以及这个诡异世界的秘密。与此同时，受到感应，唯的身体也同步发生痉挛，并浮现斑马纹。外星人其实寄生在了堇身上，新市看着她，脑中响起一个声音："还没有结束，斑马人！"此时，新实率领着斑马警察和机动队向白马之家发起了攻击。
一场关系到地球存亡的黑白之战拉开了序幕……...